### DEFINE GENE SETS

nucl_30 = ['MALAT1', 'NEAT1', 'FTX', 'FOXP1', 'RBMS3', 'ZBTB20', 'LRMDA', 'PBX1', 'ITPR2', 'AUTS2', 'TTC28', 'BNC2', 'EXOC4', 'RORA', 'PRKG1', 'ARID1B', 'PARD3B', 'GPHN', 'N4BP2L2', 'PKHD1L1', 'EXOC6B', 'FBXL7', 'MED13L', 'TBC1D5', 'IMMP2L', 'SYNE1', 'RERE', 'MBD5', 'EXT1', 'WWOX']

MT_genes = ['MT-ND1', 'MT-ND2', 'MT-CO1', 'MT-CO2', 'MT-ATP8', 'MT-ATP6', 'MT-CO3', 'MT-ND3', 'MT-ND4L', 'MT-ND4', 'MT-ND5', 'MT-ND6', 'MT-CYB']

celltype_gene_set_dict = {
"VEC" : ["VWF", "ERG", "ANO2", "PTPRB", "EGFL7", "PREX2", "ADGRL4", "FLT1", "CYYR1", "GRB10", "PPP1R16B", "DOCK9", "SHANK3", "PECAM1", "PLEKHG1", "EMCN"],
"PER" : ["RGS5", "DACH1", "GUCY1A1", "ABCC9", "BGN", "NOTCH3", "PDGFRB", "FRMD3", "RNF152", "CCDC102B", "NGF"],
"SMC" : ["MYH11", "KCNAB1", "NTRK3", "CHRM3", "ACTA2", "RGS6", "DGKG", "ITGA8", "TBX2", "LMOD1", "SDK1", "GPC6", "ANTXR1", "FLNA", "CLMN", "ATP10A", "MCAM", "TAGLN", "CCDC3"],
"AD" : ["PLIN4", "PLIN1", "PDE3B", "GPAM", "PTPRS", "PPARG", "MLXIPL", "MGST1", "AQP7", "SLC19A3", "FABP4", "TPRG1", "DIRC3", "LPL", "PNPLA2", "LIPE", "ADH1B", "ADIPOQ", "PRKAR2B", "CIDEA", "LINC00278", "PFKFB3", "LINC02237", "LIPE-AS1", "SVEP1"],
"SC" : ["XKR4", "AC016766.1", "SLC35F1", "ZNF536", "NCAM2", "GPM6B", "KIRREL3", "SORCS1", "ST6GALNAC5", "PRKCA", "GINS3", "PMP22", "ALDH1A1", "IL1RAPL2", "DOCK5", "NKAIN3", "COL28A1", "RALGPS2", "PKN2-AS1", "KLHL29", "PTPRZ1"],
"N" : ["CSMD1", "SYT1", "KCNIP4", "CNTNAP2", "DLGAP1", "PTPRD", "LRRTM4", "ATRNL1", "LRP1B", "CTNND2", "KCNQ5", "NRG3", "SNTG1", "GRIA2", "RIMS2", "CSMD3", "XIST", "KAZN", "DPP10", "HS6ST3", "OPCML"],
"EEC" : ["PCDH7", "PCDH15", "LINC02147", "LINC02388", "MYRIP", "GMDS", "ADAMTSL1", "LEPR", "CALCRL", "CGNL1", "HMCN1", "NPR3", "POSTN"],
"FB" : ["DCN", "ABCA8", "ABCA6", "ABCA10", "FBLN1", "COL15A1", "FBN1", "C7"],
"L" : ["SKAP1", "RIPOR2", "CD247", "IKZF1", "BCL11B", "SLFN12L", "ITGAL", "SAMD3", "CARD11", "CDC42SE2", "CCND3"],
"MESO" : ["C3", "SULF1", "AP000561.1", "PRG4", "GPM6A", "CDON", "DPP6", "CCDC80", "EZR", "FOS", "BNC1", "AC245041.2", "PRKD1", "CYSTM1", "TLL1", "WT1"],
"MP" : ["TBXAS1", "SLC9A9", "MRC1", "MS4A6A", "RBM47", "DOCK2", "MCTP1", "SYK", "MSR1", "ATP8B4", "F13A1", "CD74", "MS4A4E", "ADAP2"]
}

CM_gene_set_dict = {
"CM_cyto" : ["TTN", "RYR2", "PAM", "TNNT2", "RABGAP1L", "PDLIM5", "MYL7", "MYH6"],
"CM_nucl" : ["RBM20", "TECRL", "MLIP", "CHRM2", "TRDN", "PALLD", "SGCD", "CMYA5", "MYOM2", "TBX5", "ESRRG", "LINC02248", "KCNJ3", "TACC2", "CORIN", "DPY19L2", "WNK2", "MITF", "OBSCN", "FHOD3", "MYLK3", "DAPK2", "NEXN"],
}

